COVID-19 adalah penyakit yang dapat fatal bagi populasi yang berisiko. Penyebaran COVID-19 dapat dibatasi dengan dengan deteksi dini, dan reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) colorimetric pada spesimen saliva adalah salah satu metode alternatif yang dapat digunakan. Tes deteksi tentunya perlu memiliki parameter tes yang baik. Oleh karena itu, perlu dilakukan evaluasi dan optimasi terhadap tes deteksi agar tes menjadi lebih efisien dan efektif.
Total sebanyak 106 spesimen saliva termasuk 32 spesimen positif digunakan dalam penelitian. Terdapat lima skema protokol modifikasi dibandingkan dengan protokol referensi sesuai pabrikan (Protokol A), meliputi: Protokol B-Pencampuran reagen pre-treatment dasar dengan proteinase K; Protokol C-substitusi reagen pre-treatment dengan NFW+proteinase K; Protokol D-Pendinginan 4ºC spesimen saliva sebelum deteksi; Protokol E-Dilusi spesimen saliva 4:3 dengan NFW; Protokol F-Gabungan pendinginan dan dilusi sebelum deteksi. Evaluasi terhadap modifikasi protokol dinilai dari parameter tes, yaitu success rate (SR), sensitivitas, spesifisitas, diagnostic accuracy (DA), PPV, dan NPV protokol yang dihasilkan.
Terdapat perbedaan jumlah spesimen yang digunakan dalam setiap protokol karena beberapa protokol (protokol B, C, D, dan E) tidak dilanjutkan setelah mendapat jumlah spesimen tertentu, dalam rangka memerhatikan teknis pelaksanaan protokol yang sensitif terhadap waktu. Protokol B dan C menghasilkan spesimen invalid total, sehingga tidak dapat diambil kesimpulan untuk SR dan parameter lainnya. Protokol F memiliki SR lebih tinggi dibandingkan protokol dasar (A= 65.43%; F= 87.65%) dengan pengorbanan parameter yang kecil, seperti sensitivitas (A= 65.22%; F= 57.14 %), spesifisitas (A= 100%; F= 97.67%), DA (A= 84.91%; F= 81.69%); PPV (A= 100%; F= 94.12%), dan NPV (A= 78.95%; F= 77.78%). Untuk melihat hubungan nilai Ct dengan RT-LAMP, dilakukan perhitungan menggunakan spesimen dengan nilai Ct tertentu. Protokol F menunjukkan sensitivitas (A= 64.71%; F= 70.59%), DA (A= 93.02%; F= 93.1%), dan NPV (A= 90.91%; F= 93.33%) yang lebih tinggi dibandingkan protokol A dengan parameter lain sebanding bila perhitungan menggunakan spesimen dengan nilai Ct dibawah 30.
Menggabungkan pendinginan dan dilusi sebelum spesimen dideteksi ke protokol RT-LAMP awal berhasil meningkatkan SR dan parameter lain pada spesimen dengan infeksi fase akut/sub-akut. |