T. langsdorffiana adalah tumbuhan yang toleran terhadap pH rendah dan aluminium (Al) tinggi. Oleh sebab itu tumbuhan ini dapat digunakan sebagai sumber gen dan tumbuhan model toleransi terhadap pH rendah dan Al tinggi. Untuk memanfaatkan toleransi T. langsdorffiana terhadap pH rendah dan Al tinggi dan kemampuannya dalam mengakumulasi Al, maka bahan genetik tumbuhan ini harus disimpan di dalam pustaka genom. Pustaka genom sangat penting untuk menyimpan seluruh informasi genetik yang dimiliki oleh suatu spesies.
Penelitian ini bertujuan untuk melakukan konstruksi pustaka genom T. langsdorffiana. Konstruksi pustaka genom dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu: isolasi DNA total tanaman, pemotongan parsial DNA tanaman, penyisipan DNA T. langsdorffiana ke dalam fage , pengemasan DNA rekombinan, transveksi fage rekombinan ke E. coli dan analisis pustaka genom. Analisis pustaka genom meliputi eksisi dari fage menjadi plasmid, isolasi DNA plasmid, transformasi genetik dan pemotongan DNA plasmid dengan enzim restriksi.
Ukuran 7-20 kb DNA T. langsdorffiana didapat dari pemotongan 1 µg DNA dengan 0.01 unit Sau3AI (Takara) pada 37ºC selama 30 menit. Pengemasan hasil ligasi 0.5 g DNA T. langsdorffiana dengan BlueSTAR-1 dengan rasio molaritas 2.9 : 1 menghasilkan titer sebesar 1.7 x 10^5 plaque forming unit (pfu) tiap ml. Hasil seleksi biru-putih menunjukkan bahwa pustaka genom T. langsdorffiana yang dikonstruksi mengandung rata-rata 8% fage rekombinan. Untuk mengetahui ukuran sisipan, plasmid pBlueSTAR-1 rekombinan dipotong dengan enzim restriksi EcoRI yang menghasilkan dua fragmen DNA yaitu vektor plasmid pBlueSTAR-1 yang berukuran 2.1 kb dan DNA T. langsdorffiana yang tersisip yang berukuran 10 kb. Untuk mengetahui derajat kelengkapan suatu pustaka genom, maka informasi ukuran genom dari suatu organisme harus diketahui. Karena ukuran genom T. langsdorffiana belum diketahui, maka ukuran genom Dissotis canescens digunakan sebagai dasar perhitungan karena kedua spesies tersebut termasuk dalam famili Melastomataceae. Pada penelitian ini, volume fage yang disintesis adalah 500 µl, sedangkan titer fage rekombinannya adalah 8% sehingga jumlah total fage rekombinan adalah 6.8 x 10^3 pfu. Dengan menggunakan rumus N = (ln (1-P))/( ln (1-f)), N = jumlah fage rekombinan, f = rasio ukuran DNA sisipan terhadap ukuran genom, maka peluang (P) seluruh genom T. langsdorffiana terdapat dalam pustaka genom adalah 17%. Hal ini berarti bahwa peluang untuk mendapatkan sembarang potongan DNA di dalam pustaka genom adalah 17%. |