ANALISIS FILOGENETIK VIRUS AVIAN INFLUENZA H5Nl ISOLAT UNGGAS BERDASARKAN URUTAN NUKLEOTIDA LOKASI PEMECAHAN HEMAGLUTININ (HEMAGGLUTININ CLEAVAGE SITE)  

Oleh:

Rahmiati ; Budiarti, Lia Yulia ; Muthmainah, Noor

Jenis: Article from Journal - ilmiah internasional
Dalam koleksi: Berkala Kedokteran jurnal kedokteran dan kesehatan vol. 7 no. 01 (Mar. 2008), page 16-27.
Topik: avian influenza; hemagglutinin cleavage site; asam amino basa; hubungan filogenetik

Ketersediaan

Perpustakaan FK Nomor Panggil: B03.K.01 Non-tandon: 1 (dapat dipinjam: 0) Tandon: tidak ada

Lihat Detail Induk

Isi artikel

Virus avian influenza A subtipe H5NI yang berpatogenesitas tinggi (Highly Pathogenic Avian Influenza) telah menyebar di beberapa negara di Asia termasuk Indonesia sejak tahun 2003 dengan angka kematian yang tinggi pada unggas maupun manusia. Virus-virus ini ditandai oleh hemaglutinin dengan urutan beberapa asam amino basa pada cleavage site dan rantai samping karbohidrat di sekitarnya sebagai tapak glikosilasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis urutan asam amino pada regio cleavage site hemaglutinin virus avian influenza H5Nl isolat dari entog di Bantul dan isolat dari ayam kampung dari Purworejo dan menganalisis hubungan kekerabatan secara genetik kedua isolat dengan virus-virus H5N 1 lainnya dari Indonesia dan beberapa negara di Asia. Penelitian dilakukan dengan mengisolasi RNA total virus lalu diamplifikasi dengan One-Step RT-PCR dan kemudian dilakukan sekuensing secara otomatis. Analisis filogenetik dilakukan dengan Clustal X dan Neighbour¬Joining. Analisis urutan asam amino pada regio cleavage site hemaglutinin menggolongkan kedua isolat virus sebagai Highly Pathogenic Avian Influenza, dengan urutan asam amino PQRER-RRKKR/G untuk. isolat dari entog di Bantul dan SQRERRRRKKR/G untuk. isolat dari ayam kampung di Purworejo. Analisis filogenetik menunjukkan kekerabatan kedua isolat dengan homologi 97% satu sama lain. Apabila dibandingkan dengan sekuens isolat-isolat virus dari unggas, mamalia dan manusia dari Indonesia, didapatkan homologi berturut-turut 95% - 100% dan 95,4% - 98,4%. Homologi dengan isolat-isolat di Asia bervariasi antara 93,9% - 99%. Isolat dari entog di Bantul lebih dekat dengan isolat-isolat dari Sumatera Utara dan berada dalam satu kelompok dengan isolat-isolat virus lain dari Indonesia. Isolat dari ayam kampung di Purworejo lebih dekat ke isolat dari Kulon Progo dan isolat-isolat dari Asia yang termasuk virus-virus Fujian-like.

Opini Anda

Klik untuk menuliskan opini Anda tentang koleksi ini!

Kembali