Sekuens Terawetkan Terkait HIV-1  

Oleh:

Efrida ; Putra, Andani Eka

Jenis: Article from Journal - ilmiah nasional - terakreditasi DIKTI
Dalam koleksi: Indonesian Journal of Clinical Pathology and Medical Laboratory vol. 20 no. 02 (Mar. 2014), page 133-140.
Topik: HIV-1; ragaman molekular; rekombinasi; sekuens; terawetkan

Ketersediaan

Perpustakaan FK Nomor Panggil: I01.K Non-tandon: 1 (dapat dipinjam: 0) Tandon: tidak ada

Lihat Detail Induk

Isi artikel

Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) memiliki tingkat keragaman genetik (ragaman molekular) yang tinggi terkait dengan mekanisme penghapusan, penyisipan dan terutama penggabungan kembali. Penggabungan kembali antar subgrup/intersubtipe HIV-1 menghasilkan galur virus baru penyebab infeksi. Sampai saat ini diketahui bahwa terdapat sekitar 40 circulating recombinant form (CRF) dan 100 unique recombinant form (URF) di seluruh dunia. Berbagai ragaman molekular HIV-1 tersebut menyebabkan pitfalls deteksi HIV karena kesulitan merancang pengujian yang dapat menemukan seluruh galur HIV-1. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui ragaman molekular, sehingga dapat diidentifikasi sekuens genom HIV-1 terawetkan dari isolat lokal asal Sumatera Barat. Cara yang digunakan adalah penelitian deskriptif terhadap sampel penderita yang dicurigai terinfeksi HIV-1 berdasarkan hasil penyaringan antibodi menggunakan uji cepat HIV-1 di laboratorium Patologi Klinik RS. Dr. M. Djamil Padang. Isolasi RNA dan penguatan dengan RT-PCR dilakukan di bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran UGM. Penguat disekuensing menggunakan metode Sanger dan dianalisis dengan Clustal W disertai data sekuens dari HIV sequence database. Subtipe HIV-1 isolat utama lokal asal Sumatera Barat adalah AE/B sebanyak empat (4) buah isolat (57,1%), disusul oleh subtipe AE dua (2 ) buah (28,6%) dan B, satu (1) buah (14,3%). Sebagian besar ragaman molekular pada penelitian ini berkaitan dengan substitusi satu (1) basa disusul oleh penghapusan dan penyisipan. Protease memperlihatkan besar ragaman yang cukup luas, yang terdiri dari 20–37 substitusi dan penghapusan sebanyak satu sampai dengan empat (1–3). Gen p24 merupakan yang sangat terawetkan disusul oleh gp120 dan vpu. Didasari telitian ini dapat disimpulkan bahwa isolat penggabungan kembali HIV-1 merupakan perbandingan terbesar dengan daerah terawetkan yang ditemukan di p24 dari kelompok protein gag.

Opini Anda

Klik untuk menuliskan opini Anda tentang koleksi ini!

Kembali