16S rDNA Typing of Salmonella Typhi Strains from Different Geographical Locations in Sumba Island East, Nusa Tenggara, Indonesia  

Oleh:

Amarantini, Charis ; Budiarso, Tri. Y

Jenis: Article from Journal - ilmiah nasional - terakreditasi DIKTI
Dalam koleksi: Microbiology Indonesia vol. 07 no. 1 (Mar. 2013), page 17-23.
Topik: 16S rDNA; analisis filogenetik; Salmonella Typhi; typing
Fulltext: 3 206-676-6-PB_Paskl.pdf (271.93KB)

Ketersediaan

Perpustakaan Pusat (Semanggi) Nomor Panggil: MM78 Non-tandon: 1 (dapat dipinjam: 0) Tandon: tidak ada

Lihat Detail Induk

Isi artikel

Sebanyak 13 isolat Salmonella Typhi yang mewakili berbagai wilayah geografis di pulau Sumba, Nusa Tenggara Timur, Indonesia diidentifikasi berdasarkan sekuen gen 16S rDNA. DNA bakteri diekstraksi sesuai dengan petunjuk dari PurelinkTM Genomic DNA kit. DNA bakteri dan kontrol diamplifikasi menggunakan primer spesifik untuk S. Typhi. Urutan basa sekuen gen 16S rDNA dianalisis bersama dengan sekuen 16S rDNA S. Typhi dan anggota famili Enterobacteriaceae yang diperoleh dari database NCBI menggunakan program ClustalX. Pohon filogeni dikonstruksi dengan menggunakan program PHYLIP sedangkan matriks similaritas dan perbedaan nukleotida dianalisis dengan menggunakan program PHYDIT. Hasil analisis sekuen 16S rDNA menunjukkan bahwa kemiripan di antara isolat S. Typhi berkisar antara 99,13-100%. Persentase kemiripan sekuen di antara isolat S. Typhi sangat tinggi (>99%). Analisis filogeni menunjukkan bahwa semua isolat membentuk pusat keanekaragaman baru dengan isolat standard S. Typhi ATCC 19430T. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa semua isolat yang diuji tergolong dalam spesies S. Typhi yang ditunjukkan dari kedekatan hubungan kekerabatan dengan isolat standard S. Typhi ATCC 1943

Opini Anda

Klik untuk menuliskan opini Anda tentang koleksi ini!

Kembali