| Daerah hipervariabel (HV) 1, 2, dan 3 displacement loop (D-loop) DNA mitokondria (mtDNA) digunakan untuk melihat tingkat keragaman dan pola migrasi suatu populasi. Polimorfisme yang muncul pada ketiga daerah hipervariabel ini akan menjadi referensi untuk mengindentifikasi kasus orang hilang serta kasus-kasus forensik dengan jalur maternal. Pada penelitian ini, profil mtDNA dengan marka HV1, 2, dan 3 dari 50 individu suku jawa telah dianalisa dan dikelompokkan ke dalam haplogrup untuk mendapatkan single nucleotide polymorphisms (SNPs) yang memberikan gambaran umum dari masing-masing haplogrup. Dari hasil analisa diperoleh 131 SNP termasuk 22 SNP yang belum pernah dipublikasikan; 67 SNP pada HV1, 36 SNP pada HV2, 18 SNP pada HV3, 6 SNP pada daerah perpanjangan HV1 (16366-16520) dan 4 SNP pada daerah perpanjangan HV2 (341-429). Terdapat 13 haplogrup yang diamati antara lain haplogrup B4, B5, D4, D5, E, E1, F, F1a, G2, R, M7b1, M7c, dan M8a. Haplogrup B5, F1a, B4, M7c, dan E1 adalah haplogrup yang banyak ditemukan pada penelitian ini. |